Βράζουμε το κοτόπουλο με τα κρεμμύδια, το αλάτι και το πιπέρι. Αφού βράσει, το καθαρίζουμε από πέτσες και κόκαλα και το ψιλοκόβουμε. Ανοίγουμε τα τρία φύλλα και τα στρώνουμε στο ταψί, αλείφοντάς τα ένα ένα. Στο μεταξύ, βράζουμε στο ζουμί του κοτόπουλου το ρύζι για 5΄-6΄. Κατεβάζουμε από τη φωτιά και ρίχνουμε μέσα το ψιλοκομμένο κοτόπουλο, τα κρεμμύδια, το κεφαλοτύρι, το σιμιγδάλι, το λάδι και τα αυγά χτυπημένα. Αδειάζουμε το μείγμα στο ταψί όπου έχουμε στρώσει τα φύλλα, στρώνουμε τη γέμιση με το κουτάλι και ρίχνουμε το φλουρί. Σκεπάζουμε με τα άλλα δύο φύλλα, αλείφοντάς τα με λάδι. Ψήνουμε την κοτόπιτα στους 180 C για μία ώρα.