Αποθηκεύουμε τα κρεμμύδια σε δροσερό, σκοτεινό και ξηρό μέρος. Η υγρασία και το φως οδηγούν στην σήψη (μούχλιασμα) και στην βλάστηση, η οποία ναι μεν δεν αλλοιώνει το λαχανικό, αλλά είναι ανεπιθύμητη. Όλων των ειδών τα κρεμμύδια (είτε είναι ξερά είτε είναι φρέσκα) είναι καλό να αποθηκεύονται σε ένα στεγνό, αεριζόμενο καλάθι ή μεγάλο μπολ. Αν και το ψυγείο δεν είναι ιδανικό για την αποθήκευση κρεμμυδιών, τις περισσότερες φορές παρατείνει τη διάρκεια ζωής τους. Ωστόσο, τα κρεμμύδια απορροφούν την υγρασία πολύ εύκολα, επομένως η υφή τους μπορεί να γίνει κάπως απαλή όταν αποθηκευτούν στο ψυγείο. Ολόκληρα κρεμμύδια μπορούν να διατηρηθούν στο ψυγείο έως και δύο εβδομάδες.
Μπορούμε να καταψύξουμε τα κρεμμύδια με ή χωρίς ζεμάτισμα. Το ζεμάτισμα συνίσταται όταν πρόκειται να καταψύξουμε ολόκληρους βολβούς κρεμμυδιού. Από την άλλη, για να καταψύξουμε ψιλοκομμένα κρεμμύδια, πλένουμε καλά τους βολβούς και ψιλοκόβουμε. Τα αποψυγμένα κρεμμύδια τείνουν να χάνουν το σχήμα τους, επομένως αν ψιλοκόψουμε σε πολύ μικρά κομμάτια, το αποψυγμένο προϊόν μπορεί να μοιάζει με χυλό.