Στο κεντρικό τμήμα του νησιού βρίσκεται ο Κόλπος της Καλλονής, ο οποίος καλύπτει μια τεράστια έκταση που περιβάλλεται από πολλούς μικρότερους υγροτόπους. Τα οικοσυστήματα αυτά περιλαμβάνουν αλυκές, ποταμούς, καλαμιώνες, ελαιώνες και πευκοδάση. Συναντώνται επίσης πολλές σπάνιες ορχιδέες.
Στην παράκτια περιοχή του κόλπου υπάρχουν 17 φυσικοί και τεχνητοί υγρότοποι, που φιλοξενούν έναν μεγάλο αριθμό πουλιών παγκοσμίου ενδιαφέροντος. Κάθε άνοιξη η περιοχή πλημμυρίζει με παρατηρητές πουλιών από όλον τον κόσμο. Πολλά σπάνια και προστατευόμενα είδη εντοπίζονται εδώ. Εξήντα έξι είδη αποδημητικών πουλιών έχουν καταγραφεί και εξήντα οκτώ είδη παραμένουν στον υγροβιότοπο σε μόνιμη βάση συμπεριλαμβανομένων των φλαμίνγκο (Phoenicopterus ruber), των αλκυόνων (Alcedo attlis), των πελαργών (Ciconia ciconia), (Ciconia nigra). Στη Λέσβο έχει καταγραφεί μια εντυπωσιακή ποικιλία φυτών. Εδώ βρίσκουμε βελανιδιές, αγριοφυστικιές, άγριες τριανταφυλλιές, καρυδιές, αμυγδαλιές καθώς και μια τεράστια ποικιλία βοτάνων όπως μέλισσα, μέντα, φασκόμηλο και γλυκάνισο. Ακόμη εδώ μπορεί κανείς να βρει το ροδόδενδρο (Rhododendron luteum), το οποίο δεν φύεται πουθενά αλλού στην Ελλάδα.
Στα μεγαλύτερα υψόμετρα του Ολύμπου (υψόμετρο 968μ.) καλλιεργούνται ποικιλίες δένδρων τα οποία σπάνια παρουσιάζονται στα ελληνικά νησιά, όπως καστανιές, κερασιές, μηλιές και αχλαδιές. Εκεί ευδοκιμεί το ενδημικό είδος «άλυσσο το λεσβιακό» και άλλα σπάνια είδη φυτών. Μην παραλείψετε να επισκεφθείτε τον ορεινό οικισμό της Αγιάσου και μέσα από τον καστανιώνα της να ακολουθήσετε μια ορεινή διαδρομή με προορισμό το Μεγαλοχώρι, όπου η θέα στο Αιγαίο είναι μαγευτική.
Στο νότιο τμήμα του νησιού στην περιοχή Πλωμαρίου, θα συναντήσετε γραφικά χωριουδάκια, χρυσές αμμουδιές, πλούσια βλάστηση και αγέρωχους βράχους, ενώ αξίζει να επισκεφθείτε με βάρκα την Παναγιά την Κρυφτή.
Στο νησί υπάρχει ένα μεγάλο δίκτυο μονοπατιών με σήμανση, που θα σας δώσει τη δυνατότητα να ανακαλύψετε τους κρυμμένους φυσικούς θησαυρούς του. Σε πολλά σημεία, τα μονοπάτια διατηρούν την παλιά τους λιθόστρωση, μεταφέροντάς σας σε άλλες εποχές. Θα συναντήσετε στο διάβα σας απομακρυσμένα εξωκκλήσια, αρχαιολογικούς χώρους, γέφυρες, βρύσες, αλλά κυρίως το μαγευτικό με τις πολλές εναλλαγές, φυσικό τοπίο της Λέσβου.
Ο Κόλπος της Γέρας είναι περιτριγυρισμένος από κατάφυτες εκτάσεις παρθένου ελαιοδάσους και μαζί με τους ορεινούς και παραθαλάσσιους γραφικούς οικισμούς του, συνθέτει ένα μοναδικό φυσικό τοπίο που προσφέρεται για ατελείωτες περιπατητικές διαδρομές μέσα από τα μονοπάτια της ελιάς. Στο νησί υπάρχουν 11.000.000 ελαιόδεντρα και αν βρεθείτε εκεί τους χειμερινούς μήνες, θα έχετε την ευκαιρία να παρακολουθήσετε ή ακόμη και να συμμετέχετε στο λιομάζεμα και την παραγωγή του λαδιού.
Ιαματικές πηγές και καταρράκτες
Στον Κόλπο της Γέρας θα βρείτε τις περίφημες Ιαματικές Πηγές Θέρμα που αξίζει να επισκεφθείτε τους χειμερινούς μήνες. Οι γεωλογικές ανακατατάξεις έχουν προικίσει τη Λέσβο με πλήθος ιαματικών πηγών, με διάφορες χημικές συνθέσεις και θερμοκρασίες, οι οποίες βοηθούν αποδεδειγμένα στη θεραπεία πολλών παθήσεων. Άλλες σημαντικές ιαματικές πηγές είναι αυτές της Εφταλούς, του Πολιχνίτου, του Λισβορίου και της Λουτρόπολης Θερμής.